perl怎么合并文件

2012continue

文件1：
>12454p p2
aaaaaaaaaaabbbbb
>12455 p1
aaaaabbbbbbbbbbb

文件2：
>12454p p2
abaaaaaaaaabbbbb
>12455 p1
aacaabbbbbbbbbcb


合并后
文件3：
>12454p p2
aaaaaaaaaaabbbbb
abaaaaaaaaabbbbb
>12455 p1
aaaaabbbbbbbbbbb
aacaabbbbbbbbbcb


是的，2个文件中带‘>’的标题是一样的，数量也是一样的。

asthman

文件不大的话，把两个文件做成hash结构
$h->{"12454p p2"} = ["aaaaaaaaaaabbbbb", "abaaaaaaaaabbbbb"]
$h->{"12455 p1"} = ["aaaaabbbbbbbbbbb", "aacaabbbbbbbbbcb"]
然后再写入文件

ramsay_dan

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.010;

open my $IN_1  , '<' ,    "orange_in_1.file" or die "Can not read! $!\n";
open my $IN_2  , '<' ,    "orange_in_2.file" or die "Can not read! $!\n";
open my $OUT   , '>' ,    "orange_out.file" or die "Can not write! $!\n";

my @a = <$IN_1>;
my @b = <$IN_2>;

my $line_b = @b;
my $count_line_b = 0;

foreach (@a) {
chomp;
chomp ($b[$count_line_b]);
if (/\>/ && $count_line_b <= $line_b) {
print $OUT "$_\n";
$count_line_b++;
} else {
print $OUT "$_\n$b[$count_line_b]\n";
$count_line_b++;
}
}

close $IN_1;
close $IN_2;
close $OUT;

你试试吧，分别将两个文件的名字改下就行。

b114213903

欢迎使用BioPerl的Bio::SeqIO模块，很好用

ramsay_dan

这个问题最难的其实是如果文件1中的内容和文件2中的内容在同一个文件中，然后如何得到文件3中的内容。

baby_神

1. awk 'ARGIND==1{/>/ && b=$0; />/?a[b]=$0:a[b]=a[b]"\n"$0;}ARGIND==2{/>/ && c=$0; />/?a[c]:a[c]=a[c]"\n"$0;}END{for(i in a)print a[i]}' file1 file2

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