行和列的互换

gooderpan

有一个文件file：（tab分隔）
Chrom    Pos    ref     alt     T1     T2    T3    N1    N2    N3
1           121     A      G      0/1     ./.   1/1    0/0   ./.    0/0
2           1232    C      G    0/1    1/1   1/1    ./.    0/0   0/0
3           161     C      A      1/1     ./.   0/1    0/0   0/0    0/0

想要将该文件的行和列互换，结果如下：（tab分隔）
Chrom    1       2        3
Pos       121   1232    161
ref         A       C        C
alt         G       G        A
T1         0/1    0/1    1/1
T2         ./.     1/1     ./.
T3         1/1    1/1    0/1
N1        0/0     ./.     0/0
N2        ./.      0/0    0/0
N3        0/0    0/0     0/0

请问大神们，该怎么弄呀？？？谢谢啦！

jason680

回复 1# gooderpan

$ awk '{for(n=1;n<=NF;++n)a[n]=a[n]$n" "}END{for(n=1;n<=NF;++n)print a[n]}' FILE | column -t
Chrom  1    2     3
Pos    121  1232  161
ref    A    C     C
alt    G    G     A
T1     0/1  0/1   1/1
T2     ./.  1/1   ./.
T3     1/1  1/1   0/1
N1     0/0  ./.   0/0
N2     ./.  0/0   0/0
N3     0/0  0/0   0/0

   

zxy877298415

1. awk '{for(i=1;i<=NF;i++)a[i NR]=$i}END{for(i=1;i<=NF;i++) {for(j=1;j<=NR;j++) printf a[i j]"\t";print ""}}' file

复制代码

回复 1# gooderpan


   

jcdiy0601

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. lie=`awk 'END{print NF}' file`
   
4. 
   
5. for i in `seq $lie`
   
6. do
   
7.   awk '{print $"'${i}'"}' file|sed 'N;N;N;s/\n/ /g'
   
8. done
   

复制代码

lklkxcxc

回复 2# jason680
a[n]=a[n]$n" " 这种用法该怎么理解呢


   

jason680

回复 5# lklkxcxc

a[n]=a[n]$n" "

Line 1:
  Now: a[1] = ""
  $1 = "Chrom"
  a[n]=a[n]$n" " ==>   a[1]=a[1]$1" " ==> a[1] ="" + "Chome" + " "
  after: a[1] = "Chrom "

Line 2:
  Now: a[1] = "Chrom "
  $1 = "1"
  a[n]=a[n]$n" " ==>   a[1]=a[1]$1" " ==> a[1] = "Chome " + "1" + " "
  after: a[1] = "Chrom 1 "

Line 3:
  Now: a[1] = "Chrom 1"
  $1 = "2"
  ...
  after: a[1] = "Chrom 1 2 "

Line4:
    ...
    after: a[1] = "Chrom 1 2 3 "

follow the same way
Line1:  a[2] = "Pos "
Line2:  a[2] = "Pos 121 "
Line3:  a[2] = "Pos 121 1232 "
Line4:  a[2] = "Pos 121 1232 161 "
   

lklkxcxc

回复 6# jason680
谢谢你的解答，慢慢了解了，这些用法精髓


   

RockerHan

jason680 发表于 2016-02-29 17:11
回复 1# gooderpan

$ awk '{for(n=1;n

刚在头疼怎么按列grep的问题，看到了你的代码，迎刃而解，谢谢！